상온보관이 가능한 건조한 형태의 DNA size Marker

Abstract

Gel electrophoresis of DNA is a well known technique in molecular biology. This technique is simple, rapid to perform, and capable of adequately separating fragments of DNA. A number of mixtures of DNA fragments ("DNA size markers") are frequently employed in a purpose of extrapolating the sizes or the amount of DNA molecules during gel electrophoresis. DNA size markers are constructed by digesting plasmid DNA, bacteriophage DNA, or recombinant DNA molecules with one or more restriction enzymes. However, liquid suspension containing DNA size marker needs to be kept at a low temperature during storage and shipping. In an attempt to maintain the DNA samples at room temperature for extended period of time, lyophilization of DNA with addition of nuclease inhibitor was studied. Gel loading buffer was also added to the lyophilized DNA to provide additional convenience such that DNA size marker was the "ready-to-use" followed by simply reconstituting with distilled water.

기존의 DNA size marker들은 보관과 운송이 -20℃ 이하의 냉동상태 하에서 이루어져야 하는 온도안정성이 떨어지는 단점을 갖고 있다. 이러한 단점을 극복하기 위하여 온도안정성이 떨어지는 물질의 경우 건조상태를 유지할 때 높은 안정성을 유지한다는 점에 착안해 연구를 시작하였다. DNA는 비교적 안정한 물질이므로 그 가능성은 더욱 높을 것으로 가정하였다. TE 완충액에 녹아있는 λ/HindⅢ 용액을 가장 선명한 건조체 제작에 가장 유리하다고 판단된 6X loading buffer (15% ficoll, 50 mM EDTA 그리고 0.05% bromphenol blue)와 함께 흔합한 다음 진공건조를 시도해보았다. 이 건조체를 상온에서의 빛 노출, 상온에서의 빛 차단 그리고 4℃에서의 빛 차단의 세 조건하에서 60 일간 방치한 후, 건조 전 전체부피와 같은 양의 초순수물을 사용하여 건조체를 용해하여 상업적으로 판매되는 DNA size marker와 전기영동 양상을 비교한 결과 DNA size marker자체의 양과 질에서 변화가 없었다. 그러나 건조체에 포함되어 있는 bromophenol blue의 푸른색은 빛에 노출된 조건으로 방치한 경우 자체의 푸른색을 상실하였다. 즉, 건조체는 빛이 차단된 상온에서는 양과 질의 변화없이 장기간 보관이 가능하였다. 그리고 이 건조체를 초순수물로 재조성한 후 상온에서 92일 동안 보관하였으나 이 경우에도 λ/HindⅢ 절단체의 양과 질의 차이는 관찰할 수 없었다.