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Large Genomic Rearrangement of the BRCA1 Gene for Comprehensive Mutation Analysis

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Author(s)
김도훈
Keimyung Author(s)
Kim, Do Hoon
Issued Date
2016-12
Abstract
While the majority of germline mutations in BRCA1/2 are small-scale mutations, large genomic rearrangements (LGRs) are also detected in a variable proportion of patients. However, routine genetic methods are incapable of detecting LGRs, and a comprehensive genetic testing algorithm is necessary. Multiplex ligation-dependent probe amplification assay (MLPA) was performed for 29 small-scale mutation negative patients at high-risk for LGR, based on previously published LGR risk criteria. The inclusion criteria for the high risk subgroup were personal history of 1) early onset breast cancer (diagnosed at ≤ 36 yrs.); 2) two breast primaries; 3) breast cancer diagnosed at any age, with ≥ 1 close blood relatives (including first-, second-, or third-degree) with breast and/or epithelial ovarian cancer; 4) both breast and epithelial ovarian cancers diagnosed at any age; and 5) epithelial ovarian cancer with ≥ 1 close blood relatives with breast and/or epithelial ovarian cancer. LGRs were identified in two patients as assessed by MLPA, one with a heterozygous deletion of exon 19 and the other with a heterozygous duplication of exon 4-6. The prevalence of LGRs was 7% (2/29) among Sanger negative and high risk patients, 13% (2/15) of all BRCA1 mutations, and 2% (2/106) among all enrolled patients. BRCAPRO mutation probability and Korean hereditary breast cancer study BRCA risk calculator (KOHCal) mutation probability were calculated retrospectively in previously reported Korean LGR probands including our 2 cases. In the BRCAPRO calculation, 67% of patients satisfied mutation probability greater than 10%, the traditional cutoff value for offering BRCA genetic testing. In KOHCal calculation, 100% of patients satisfied a mutation probability greater than 10%. The results indicate that selective LGR screening for at risk patients as part of a routine clinical diagnostic service is highly recommended for Korean patients.
BRCA1/2 유전자의 생식세포계열 돌연변이들은 소규모 돌연변이들이 대부분이지만, large genomic rearrangements (LGRs) 또한 다양한 비율의 환자들에서 검출된다. 그러나, 일반적인 유전자 검사 기법으로는 LGR을 검출 할 수가 없기 때문에 포괄적인 유전자 검사 알고리즘이 필수적이다. 본 연구에서는 이전에 발표된 LGR 고위험군 기준들을 기반으로 하여 소규모 돌연변이가 없으면서 LGR 고위험군에 해당하는 29명의 환자들에게 multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) 검사를 시행하였다. LGR 고위험군은 다음과 같은 기준에 하나 이상 해당될 때 포함하도록 하였다: 1) 어린 나이에 발병한 유방암 (36세 이전에 진단); 2) 양측성 유방암; 3) 유방암 혹은 상피성 난소암 환자인 친척(first-, second-, or third-degree 포함)이 한명 이상 있는 유방암 환자 (진단 연령 관계없음); 4) 유방암과 상피성 난소암 동시 발병(진단 연령 관계없음); 5) 유방암 혹은 상피성 난소암 환자인 친척(first-, second-, or third-degree 포함)이 한 명 이상 있는 상피성 난소암 환자 (진단 연령 관계없음). 기준에 해당되는 29명의 환자를 대상으로 MLPA를 시행한 결과 2명에서 LGR이 검출되었다. 한 명은 BRCA1 엑손 19의 이형접합결실이었고 다른 한 명은 BRCA1 엑손 4-6의 이형접합중복이었다. 따라서, 소규모 돌연변이가 없으면서 LGR 고위험군인 환자에서의 LGR 유병률은 7% (2/29), 전체 BRCA1 유전자 변이의 13% (2/15), 전체 환자의 약 2% (2/106)에서 발생한 것으로 집계되었다. 그리고 이전에 보고된 한국인 LGR proband들과 본 연구에서 발견한 2명에 대해서 BRCAPRO 변이 확률와 한국인유전성유방암연구 BRCA risk calculator (KOHCal) 변이 확률을 측정하였다. BRCAPRO 분석결과 67%가 전통적으로 사용되는 BRCA유전자 검사의뢰 기준인 변이 위험 가능성 10%이상을 만족하였다. KOHCal 분석결과에서는 100%가 변이 위험 가능성 10%이상을 만족하였다. 이상의 결과들로 미루어볼 때, 한국인 유방난소암 환자들에게 시행하는 일상적 유전 진단 검사 항목에 LGR 고위험군에 선택적인 LGR 선별검사를 포함하는 전략이 적극 추천된다.
Alternative Title
포괄적 변이 분석을 위한 BRCA1 유전자의 Large Genomic Rearrangement
Keimyung Author(s)(Kor)
김도훈
Awarded Date
2017-02
Degree
박사
Citation
김도훈. (201612). Large Genomic Rearrangement of the BRCA1 Gene for Comprehensive Mutation Analysis.
Type
Thesis
Source
http://dcollection.kmu.ac.kr/jsp/common/DcLoOrgPer.jsp?sItemId=000000090899
URI
https://kumel.medlib.dsmc.or.kr/handle/2015.oak/12975
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1. School of Medicine (의과대학) > 박사
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