Evaluation of KRAS let-7 lcs6 Polymorphism in Korean Populations by Pyrosequencing

Abstract

A single nucleotide polymorphism (SNP) in the 3′-untranslated region of the KRAS oncogene (rs61764370) was recently reported to act as a genetic marker for increased risk of developing human cancers. The frequency of the variant allele is 5.8% in world population, however, there is no study in Korean population with large cases. In present study, we evaluated the KRAS let-7 lcs6 SNP in Korean population for the first time. Genotyping was performed in 178 randomized subjects. DNA was extracted and SNP was evaluated by using PCR and pyrosequencing to identify the T or G allele of the KRAS let-7 lcs6 SNP. As a result, only T allele was found in all subjects and quantitative sequencing result showed that the proportion of G allele was extremely low. This study confirmed that KRAS let-7 lcs6 have only one allele system in Korean population by sensitive and quantitative pyrosequencing for the first time. Its clinical significance should be studied further.

간추림 : KRAS 유전자의 3′-비해석부위의 단일염기다형성(rs61764370)은 암발생을 증가시키는 중요한 유전학적 표지자라고 보고되었다. 전세계적으로 이 부분의 다형성은 5.8%에서 나타나지만 한국인에서는 제대로 연구가 이루어지지 않았다. 따라서 본 연구에서 한국인에서 KRAS let-7 lcs6 유전자의 단일염기다형성을 분석해보도록 하겠다. 178명의 무작위로 추출된 한국인의 DNA를 이용하여 중합효소연쇄반응과 파이로시퀀싱을 해보았다. KRAS let-7 lcs6 다형성의 T 또는 G 유전자를 확인하기 위해서 파이로시퀀싱 연구를 설계하였다. 그 결과 모든 사람에서 T 유전자만이 관찰되었다. 또한 정량적 분석 결과, G 유전자는 매우 낮게 나타났다. 이 연구의 결과는 파이로시퀀싱을 이용하여 정량적 분석을 통해 한국인에서는 KRAS let-7 lcs6 유전자가 다형 성을 보이지 않고 오직 T 유전자만 나타나는 형태를 가진다는 것을 처음으로 확인하였다. 이에 대한 임상적 의 의에 대해서 더욱 많은 연구가 필요할 것으로 생각된다.